PFA和PTFE這兩種含氟聚合物有一些明顯的性能上的差異，要選擇合適的工藝上的聚合物，烷氧基取代基上的差異可以使PFA通過傳統的注射制模和螺桿擠出的工藝來進行熔斷加工，而PTFE則不能和PFA一樣加工，PFA材質的加工靈活性更高，但是PFA的彈性壽命比PTFE更低，因為制造的產品不能承受住反復的折疊。PTFE具有較高的耐熱性，但是流動性、蠕變性、熱穩定性相對來說要缺乏一些。

PFA和PTFE的熔點分別為260攝氏度和327攝氏度，吸水率和風華作用的影響對PFA要大于PTFE，但是PFA的耐鹽霧性能要高于PTFE。

兩種含氟聚合物最明顯的特征是介電強度，PFA的介電強度則是PTFE的3到4倍。